MaxQuant是基于質譜(Ms)的蛋白質組學DDA數據采集模式下的數據定量分析金標準，現在廣泛應用于DDA數據分析，支持LFQ和Label的數據分析。

MaxQuant 支持Windows和Linux(Linux版基于mono)

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基本工作原理：

支持市面上幾乎所有儀器設備的原始Raw文件，其搜庫引擎采用了Andromeda，針對不同的方法采用自定義評分方案，對每種特定的碎片化技術的多肽鑒定進行優化，最后利用target-decoy搜索策略估計FDR和控制肽段鑒定種的假陽性。

下面簡單介紹常規的DDA中Label-free的分析步驟：

1)打開 MaxQuant 選擇導入數據(可以選擇導入文件或者文件夾)

2)設置分組等信息

3)特定配置參數

根據你的實驗修飾參數， 消化酶切(一般我們用Trypsin/P)等參數設置

根據你使用的儀器配置Instrument參數

如果是無標定量，在Label-free quantification選擇LFQ

3)設置全局參數

此處主要介紹Sequences和identification參數的配置，第一個主要是配置fasta文件，第二個是需要配置FDR等修改閾值(默認是0.01)

一般我們是從uniport上下載蛋白的fasta序列，點擊Add即可添加，后面的參數像肽段最小長度等一般來說默認就可以了，也可以設置的更加寬松一點，這個根據你的需要來修改。

剩下主要是鑒定打分了，此處默認是0.01，相對比較保守的一個閾值，有人也設置到0.05，提高一些低信號肽的鑒定，但這樣也會影響增加假陽性的可能，當然這之間的取舍還是根據你的實驗目的來。大部分后期還會進行驗證，所以這塊的把控還是按照實驗設計進行，0.01和0.05目前都是被認可的閾值。

其他的高級參數像 target-decoy生成方式等，大家可以自行探索。

4)其他設置

剩下的三個頁面和分析基本上沒什么大的關系了。

性能主要是執行后的一個日志展示；

可視化主要是對Raw文件數據的展示：

組態主要是軟件參數，像修飾等的修改添加等：

5)運行分析

配置完成后，我們根據自己的電腦配置設置處理器數量，如電腦8核設置8即可(個人建議，如果電腦除了跑 MaxQuant 還有其他任務，建議設置數量是你的電腦核數減1)：

整個分析過程介紹結束了，大家也可以根據 Nat Protoc文章詳細了解所有的參數信息。

參考資料：

1.http://coxdocs.org/doku.php?id=maxquant:start

2.Tyanova, S., Temu, T. & Cox, J. The MaxQuant computational platform for mass spectrometry-based shotgun proteomics.?Nat Protoc11,2301–2319 (2016).

3.Cox, J. et al. Andromeda: a peptide search engine integrated into the

MaxQuant environment. J. Proteome Res. 10, 1794–1805 (2011).

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的4dda在linux中的意思,Evvail | MaxQuant-蛋白质组DDA数据分析金标准 | Omics - Hunter的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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