這篇文章主要介紹“BIOM微生物數據格式及文件轉換的方法”，在日常操作中，相信很多人在BIOM微生物數據格式及文件轉換的方法問題上存在疑惑，小編查閱了各式資料，整理出簡單好用的操作方法，希望對大家解答”BIOM微生物數據格式及文件轉換的方法”的疑惑有所幫助！接下來，請跟著小編一起來學習吧！

BIOM目前分為1.0 JSON和2.0 HDF5兩個版本

1.0 JSON是編程語言廣泛支持的格式，類似于散列的鍵值對結果。會根據數據松散程度，選擇不同的存儲結構來節(jié)省空間。

2.0 HDF5是二進制格式，被許多程序語言支持，讀取更高效和節(jié)約空間。

如何節(jié)約存儲：

• biom格式轉換常用命令：

• 轉換經典表格為HDF5或JSON格式

biomconvert-itable.txt-otable.from_txt_json.biom--table-type="OTUtable"--to-json
biomconvert-itable.txt-otable.from_txt_hdf5.biom--table-type="OTUtable"--to-hdf5

• 轉換biom為經典格式

biomconvert-itable.biom-otable.from_biom.txt--to-tsv

• 轉換biom為經典格式，并在最后列包括物種注釋信息

biomconvert-itable.biom-otable.from_biom_w_taxonomy.txt--to-tsv--header-keytaxonomy

• 轉換biom為經典格式，并在最后列包括物種注釋信息，并改名為ConsensusLineage

• 此功能對于一些軟件要求指定的列名有很有用。

-biomconvert-itable.biom-otable.from_biom_w_consensuslineage.txt--to-tsv--header-keytaxonomy--output-metadata-id"ConsensusLineage"

• 帶物種注釋表格互轉

biomconvert-itable.biom-otable_tax.txt--to-tsv--header-keytaxonomy
biomconvert-itable_tax.txt-onew_table.biom--to-hdf5--table-type="OTUtable"--process-obs-metadatataxonomy
biomconvert-itable_tax.txt-onew_table.biom--to-json--table-type="OTUtable"--process-obs-metadatataxonomy

取子集亞組進行分析；

biomsubset-table-iotu_table.biom-asample-ssamples_list.txt-ootu_table_subset.biom

samples_list.txt 為單列樣品名稱；

biom文件中過濾方法：

如果系統(tǒng)中安裝了qiime1 ，會有關于biom文件得過濾得腳本，方便我們篩選自己得數用于后續(xù)分析：

#按樣品數據測序量過濾：選擇counts>30000的樣品
filter_samples_from_otu_table.py-iotu_table.biom-ootu_table1.biom-n30000
#查看過濾后結果：
biomsummarize-table-iotu_table1.biom
#按樣品數據測序量過濾：選擇counts<10000的樣品
filter_samples_from_otu_table.py-iotu_table.biom-ootu_table_no_high_coverage_samples.biom-x10000

#按OTU豐度過濾：選擇相對豐度均值大于十萬分之一的OTU
filter_otus_from_otu_table.py--min_count_fraction0.00001-iotu_table.biom-ootu_table1.biom


#按物種過濾OTU表：去除p__Chloroflexi菌門等
filter_taxa_from_otu_table.py-iotu_table.biom-ootu_table1.biom
#Splitotu_table.biomintoper-studyOTUtables,andstoretheresultsin./per_study_otu_tables/
split_otu_table.py-iotu_table.biom-mFasting_Map.txt-fTreatment-oper_study_otu_tables
#Splitotu_table.biomintomultiplebiomtablesbasedontheTreatmentandColorofthesamples
split_otu_table.py-iotu_table.biom-mFasting_Map.txt-fTreatment,Color-o./per_study_otu_tables/

總結

以上是生活随笔為你收集整理的BIOM微生物数据格式及文件转换的方法的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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