目標(biāo)需求：通過Atomsk、Ovito和lammps進(jìn)行高熵合金的多晶體建模及渲染

內(nèi)容如下：

• 掌握高熵合金多晶體建模
• 用Ovito對多晶體進(jìn)行渲染

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涉及軟件及工具：

工具列表：

Atomsk

Ovito

lammps

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方法實例化：

步驟一：Atomsk軟件下載及安裝

• Atmosk介紹：
  Atomsk是一款免費、開源、命令行式程序，致力于分子動力學(xué)模擬data文件的創(chuàng)立、操控和格式轉(zhuǎn)換。他不光支持分子動力學(xué)可視化和分析軟件AtomEye、OVITO等，第一性原理計算軟件VASP等、經(jīng)典勢場模擬軟件LAMMPS和TEM圖像模擬軟件DrProbe。
• Atmosk官網(wǎng)下載鏈接
  直接點擊超鏈接或復(fù)制下列網(wǎng)址

https://atomsk.univ-lille.fr/dl.php

• 點擊軟件下載（Download），則轉(zhuǎn)到如下頁面
  找到自己對于的版本windows // linux

• 點擊下載Windos 版本（本教程僅在Windows10操作系統(tǒng)下進(jìn)行演示，因為博主青山的是windows)
  下載完成后獲得壓縮文件（atomsk_b0.11_Windows.zip）,解壓縮得到（Atomsk_setup.exe），安裝過程選擇英語，然后下一步……下一步，最后點擊完成。

步驟二：Atomsk建立多晶

• 在cmd命令下進(jìn)入Atomsk文件夾
  
  進(jìn)入Atmos文件夾存放的盤

輸入：d: (冒號不能少）

• 復(fù)制路徑進(jìn)入文件夾

輸入：cd D:\計算軟件\atomsk\Atomsk

• 1.生成單晶Fe晶胞
  復(fù)制下列代碼，回車。

atomsk --create fcc 3.65 Fe Fe.xsf

如果無誤的話如上圖所示：Fe.xsf文件生成

• 在該文件夾建立一個txt文件，即多晶節(jié)點文件，文件名為polycrystal
  

• 2.在該文本文件polycrystal中輸入多晶體信息參數(shù)，文件內(nèi)容如下：

box 200 200 200 random 20 #該文件設(shè)定盒子尺寸為200*200*200Am，盒子內(nèi)隨機(jī)生成20個晶粒。

• 3.生成多晶文件final.lmp
  在cmd窗口中運行下面這段代碼

atomsk --polycrystal Fe.xsf polycrystal.txt final.lmp -wrap #將Fe.xsf晶胞填充到20個晶粒空間內(nèi)，最終多晶數(shù)據(jù)保存到文件final.lmp。

如圖所示

• 4.4. 修改final.lmp
  使用文本編輯器打開final.lmp文件，做以下修改：

#（1）原子類型由1種改為3種： 3 atom types #（2）添加Ni、Cr原子摩爾質(zhì)量： Masses 1 55.845 # Fe 2 58.69 # Ni 3 51.96 # Cr

• 替換原子生成中熵合金FeNiCr合金多晶體結(jié)構(gòu)

#編寫in文件，在lammps中使用替換原子法，將部分Fe原子按照比例替換為Ni、Cr，得到合金多晶結(jié)構(gòu)。units metal boundary p p p atom_style atomic timestep 0.001 neighbor 0.2 bin read_data final.lmp set type 1 type/ratio 2 0.33 8793 set type 1 type/ratio 3 0.5 56332 write_data Fe-Ni-Cr.data

步驟三：Ovito渲染

此處不對ovito渲染做詳細(xì)介紹，這部分可在我上期內(nèi)容中找到

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行文總結(jié)：

計算模擬最怕一個默默在摸索，不僅耗時費力，而且對身心都是打擊，找到這方面的人進(jìn)行請教交流學(xué)習(xí)是
最快的入門選擇。
對那些一個人默默的摸索模擬的家人們，歡迎家人你們回家！

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祝大家科研順利，生活有滋味！
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青山行客
2022.09.30
國慶快樂！

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的通过Atomsk、Ovito和lammps进行高熵合金的多晶体建模及渲染的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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