Visinets:一个可以让你的信号通路图动起来的网站!
之前我們介紹過許多信號通路圖的查找和制作網站,但這些信號通路都有一個特點,他不具備動態性,我們需要靠腦補來想這個基因激活了一個基因,抑制了另外一個基因,轉來轉去就繞暈了,有沒有一個網站能夠動態展示這些信號通路的流向呢?
還真有一個,這就是今天推薦給大家的在線繪制信號通路的工具網站Visinets。
Visinets
網址:http://www.visinets.com/pathway/list
點擊左側的藍色按鈕就可以創建自己的信號通路圖了,右側則是網站已經做好的信號通路圖,如果你只是在原有的基礎上進行添補的話,可以找現成的信號通路圖進行修改。
點擊進入信號通路的畫板,我們可以看到上方和左側都有四個選項,分別是Species、Influence、Compartment和Labels。點擊上方的按鈕就可以畫出相應的項目,點擊左側的按鈕就可以調整相應的參數,比如influence中綠色箭頭代表促進、紅色箭頭代表抑制等。
可以看出想用這個軟件畫出絢麗多彩的信號通路圖還是比較難的,需要調節很多參數,但是他的特色其實不在于畫,而在于動,而且網站提供了常見的信號通路圖,我們只需要稍加利用,就可以產出我們需要的動態信號通路來。
我們以EGFR信號通路為例。
可以看到EGFR信號通路涉及的基因和傳導流向已經標識出來了,如果我們需要在其中添加我們新發現的調節模塊,按照前面的操作即可。我們可以看到在左下角有一個播放按鈕,只需要點擊這個播放鍵,整個信號通路就流動起來。
這樣的信號通路圖是不是就好多了,流動起來更能吸引人。大家快去試試吧。
參考文獻:?
Spychala J, Spychala P, Gomez S, Weinreb GE (2015) Visinets: A Web-Based Pathway Modeling and Dynamic Visualization Tool. PLoS ONE 10(5): e0123773. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0123773
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總結
以上是生活随笔為你收集整理的Visinets:一个可以让你的信号通路图动起来的网站!的全部內容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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